Ketakutan akan para pendeta Shaolin yang mahir dalam beladiri/berkelahi, maka pada masa itu kerajaan Cina menghancurkan Biara Shaolin. Tetapi Kempo hidup dan berkembang di sebagian masyarakat secara rahasia, dimana tehnik Kempo dipakai untuk melawan segala jenis kejahatan. Pada masa itulah tumbuh dan berkembang beberapa jenis aliran beladiri yang berasal dari Kempo.
Sebelum Perang Dunia II, penemu Kempo, Doshin So tinggal di Cina. beliau berkesempatan berlatih dari beberapa aliran Kempo yang sudah berkembang. Doshin So dipaksa untuk pulang ke Jepang pada saat Rusia memulai invansinya ke Mansuria. Pengalaman saat Rusia menduduki Cina, menimbulkan inspirasi Doshin So untuk mendedikasikan dirinya untuk membina orang-orang yang mempunyai inginan untuk berbhakti kepada masyarakat dan lingkungannya. Doshin So memakai prinsip-prinsip ajaran Budha pada awalnya. Sementara ajarannya terus berkembang, Doshin So sadar bahwa dengan kata-kata saja tidaklah cukup. Oleh sebab itu beliau mulai mendirikan Dojo yang dipakai sebagai tempat untuk berlatih dan meningkatkan seni bela diri yang beliau pelajari selama ini dan menyatukannya kedalam system yang dikembangkannya sendiri. Dimana dalam hal ini beliau menyatukan/mengkombinasikan antara tehnik fisik dan filosofi beliau (Kongo Zen), maka lahirlah seni bela diri Shorinji Kempo. Shorinji Kempo berpusat di kota Tadotsu, kota dimana Doshin So mulai mengajarkan Shorinji Kempo. Saat ini tidak kurang dari 1.5 juta anggotanya tersebar diseluruh dunia, yang tergabung dalam WSKO (World Shorinji Kempo Organisation).
Di Indonesia Kempo mulai dikenal pada tahun 1966, dimana pada saat itu tiga orang pemuda Indonesia baru kembali dari menimba ilmu di Jepang. Ketiga pemuda itu adalah Ginanjar Kartasasmita, Indra Kartasasmita dan Uthin Syahraz (alm.) Kemudian ketiga pemuda ini mendirikan organisasi yang diberi nama PERKEMI (Persaudaraan Beladiri Kempo Indonesia ) sebagai wadah perkumpulan seni beladiri Kempo secara nasional. Tepatnya PERKEMI berdiri pada 2 Pebruari, 1966 dan pada tahu 1970 PERKEMI mendapat pengakuan dari KONI (Komite Olah raga Nasional Indonesia), dan juga sudah mendapat pengakuan dari WSKO (World Shorinji Kempo Organisation).

PERKEMI memasuki IST AKPRIND Jogjakarata tahun 2008 awal mulanya dibawahkan oleh seorang mahasiswa asal NTT yang melanjutkan studi di IST AKPRIND Yogyakarta bernama Stevanus Umbu Limu, pada tahun 2008, kemudian mengumpul bebrapa anggota MENWA dan membentuk suatu anggeda olah raga MENWA untuk menjaga kesehatan jasmani dan Rohani pada jiwa-jiwan MENWA IST AKPRIND Yogyakarta. Seiring dengan berjalannya waktu, Kempo berkembang dan memiliki banyak anggota.
Berdasarkan hal di atas maka pada tanggal 7 Desember 2009 beberapa anggota berinisiatif mengajukan permohonan kepada lembaga untuk mendirikan UKM beladiri Kempo di IST AKPRIND Yogyakarta. Hal ini di tandai dengan antusias lembaga (pembantu rektor III) untuk menerima keberadaan UKM beladiri Kempo di IST AKPRIND Yogyakarta. Namun sebelum mengajukan permohonan UKM ke lembaga, Kempo di IST AKPRIND Yogyakarta telah melahirkan beberapa kenshi yang memiliki prestasi baik di tingkat daerah maupun nasional. Beberapa diantranya Stevanus Umbu Limu (alumni), Ahmad Anwar Sappa,(mahasiswa semester III jurusan Teknik Informatika AKPRIND) Kanisius Supardi (UNY), Hendra Bethen (STTL), Nelson (Akprind), Steven (UJB), Umbu Riki Mata (UGM).